La Mapoteca fue creada en 1979 para reunir y preservar en una sala el material cartográfico que se encontraba disperso en diversas áreas, así como para ofrecer al usuario un espacio adecuado de lectura y consulta de los materiales.
Entre sus colecciones cuenta con la depositada por el Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática (INEGI), conformado por cartas topográficas, hidrológicas, edafológicas y de uso de suelo de las localidades del territorio nacional. Incluye censos poblacionales, perfiles sociodemográficos, anuarios estadísticos, indicadores de empleo y de la industria en México.
Tiene una gran diversidad de atlas históricos, geográficos, estadísticos universales y nacionales, al igual que atlas geográficos de la República Mexicana, celestes y terrestres.
Conserva mapas del país, turísticos de los Estados y de sitios históricos (en su mayoría del siglo XIX y XX), además de ediciones de la Guía Roji, tanto de la red carretera como de las principales ciudades de México.
